池塘养殖水环境中的碳主要有两种形式：无机碳和有机碳。有机碳存在于各种动植物、微生物、动植物、有机碎屑、海底沉积物和水中的有机物中。无机碳主要以CO2、HCO3ˉ、CO3ˉ及其盐的形式溶于水，部分无机碳以碳酸盐的形式存在于沉积物中。

通过在养殖水中添加复合碳源，增加了水中的碳氮比，异养细菌的数量大大增加。水中的氨氮等无机氮被异养细菌同化，产生自己的细菌蛋白物质。水中的细菌群落、浮游动物和悬浮颗粒物形成生物絮凝体，鱼类可以通过生物絮凝体将其吃掉。絮体中大量的异养细菌可以同化和吸收水中的无机氮，残留饵料粪便中的残留营养物质可以再利用，不仅可以净化养殖水体，还可以提高饲料蛋白的利用率。在培养后期，可以加入碳源，促进水中异养细菌的生长，从而吸收更多有毒的无机氮化合物，减少其对培养的危害。
当水体的C/N值很小时，无机氮的消除主要依靠水体中的藻类和一些自养微生物。当C/N值为8-10时，水体主要依靠自养微生物和异养微生物的协同作用来完成去除过程。当水中加入大量复合碳源使其C/N值提高到15以上时，系统主要依靠异养微生物去除养殖水中的大量无机氮。当C/N达到17.57时，能促进细菌蛋白的微生物合成，有效降低养殖水体中的氨氮和氮。
水体缺乏碳源，通常会出现两种情况：1.不稳定藻相：倒伏藻、眼虫和蓝藻、黑水等爆发。2.细菌相的不稳定性：水体中细菌相的质量是通过水体的理化指标来表现的，通常表现为氨氮、硫化氢、甲烷、pH等。（水中的溶解氧会决定细菌的发展方向）。
输入水产养殖水体的复合碳源好终被水产品和水生生物从水体中去除，从而完成水产养殖水环境中的碳循环。因此，通过提高动植物对饵料和肥料的利用率，减少池底泥沙，减少养殖尾水排放，是提高养殖水体碳循环效率的有效途径。